Роман начинается с описания нового ученика 5 класса – высокий деревенский мальчик лет пятнадцати. Он выглядел несколько несуразно: одежда была ему явно мала, волосы «были подстрижены в кружок, как у сельского псаломщика», он не знал, куда деть свои большие руки и ноги. Выяснилось, что новичка звали Шарль Бовари. Его отец, отставной ротный фельдшер, «не придавал большого значения умственному развитию», и только благодаря настойчивости матери двенадцатилетний сын стал заниматься. После окончания школы Шарль со второй попытки сдал экзамены на звание лекаря и получил место в Тосте. Мать, обожавшая сына, нашла ему подходящую жену – некрасивую «женщину сорока пяти лет, но зато имевшую тысячу двести ливров годового дохода». Жизнь с ней была для юного Шарля в тягость. Молодой лекарь Шарль Бовари впервые увидел Эмму Руо, когда его вызвали на ферму её отца, сломавшего ногу. На Эмме было синее шерстяное платье с тремя оборками. Волосы у неё были чёрные, гладко зачёсанные спереди на прямой пробор, щеки розовые, взгляд больших чёрных глаз прямой и открытый. Шарль к этому времени уже был женат на уродливой и сварливой вдове, которую ему сосватала мать из-за приданого. Перелом у папаши Руо оказался лёгким, но Шарль продолжал ездить на ферму. Ревнивая жена выяснила, что мадемуазель Руо училась в монастыре урсулинок, что она «танцует, знает географию, рисует, вышивает и бренчит на фортепьяно. Нет, это уж слишком!». Она изводила мужа попрёками. Однако скоро жена Шарля неожиданно скончалась. Шарль был бесконечно рад «новому для него радостному ощущению свободы». Он все чаще стал навещать мадемуазель Эмму, и вскоре сделал ей предложение. После окончания траура молодые люди обвенчались. Господин Руо устроил дочери настолько пышную свадьбу, насколько ему было под силу. Бовари весь день принимал от гостей «шутки, каламбуры, двусмысленности, поздравления и вольные намеки» и, не обладая остроумием, смущенно отвечал на них. Приехав в дом супруга, «с первых же дней Эмма начала вводить новшества», и вскоре переделала его под свой лад. «Шарль наслаждался безоблачным счастьем» и поминутно осыпал любимую жену поцелуями, дотрагивался «до ее гребенки, косынки, колец». Эмма же, в отличие от него, была полна смятенья. До свадьбы она поверила, что «то дивное чувство, которое она до сих пор представляла себе в виде райской птицы <…> слетело, наконец, к ней», но счастье не наступило, и она решила, что ошиблась. В монастыре урсулинок, где воспитывалась Эмма, девушка пристрастилась не только к религии, но также к книгам о любви, романсам и стихам. Любовь она представляла «в виде райской птицы, парящей в сиянии несказанно прекрасного неба». Став замужней женщиной, Эмма никак не могла убедить себя, «что эта тихая заводь и есть то счастье, о котором она мечтала». Совместная жизнь с Шарлем казалась Эмме скучной и пресной. Выяснилось, что ее супруг ни разу не был в театре, «он не умел плавать, не умел фехтовать, не умел стрелять из пистолета», а Эмма считала, что мужчина «должен знать все, быть всегда на высоте». В сентябре Эмма «получила приглашение в Вобьесар, к маркизу д’Андервилье», который был высокого мнения о Шарле и его лекарских способностях. Великолепные залы, знатные гости, изысканные яства, запах цветов, тонкого белья и трюфелей — в этой атмосфере Эмма испытала острое блаженство. Особенно возбуждало её, что среди светской толчеи она различала токи запретных связей и предосудительных наслаждений. Она вальсировала с настоящим виконтом, который потом уезжал в сам Париж! Атласные туфельки её после танцев пожелтели от навощённого паркета. «С её сердцем случилось то же, что и с туфельками: от прикосновения с роскошью на нем осталось нечто неизгладимое...» Как ни надеялась Эмма на новое приглашение, его не последовало. Теперь жизнь в Тосте ей совсем опостылела. «Будущее представлялось ей темным коридором, упирающимся в наглухо запертую дверь». Тоска приняла форму болезни, Эмму мучили приступы удушья, сердцебиение, у неё появился сухой кашель, взвинченность сменялась апатией. Встревоженный Шарль объяснил её состояние климатом и стал подыскивать новое место. Весной супруги Бовари переехали в городок Ионвиль под Руаном. Эмма к тому времени уже ждала ребёнка.
Супруги Бовари прибыли в Ионвиль-л’Аббей и остановились в трактире «Золотой лев». Это был край, где «говор лишён характерности, а пейзаж — своеобразия». Все знали все и судачили обо всем и вся. Бовари были введены в здешнее общество. К нему относились аптекарь господин Оме, лицо которого «не выражало ничего, кроме самовлюблённости» , торговец тканями господин Лере, а также священник, полицейский, трактирщица, нотариус и ещё несколько особ. Эмма быстро нашла общий язык с Леоном, который так же, как и она, был неравнодушен к музыке, поэзии и природе.
Дела Шарля шли плохо: его клиентуру перебивал хитрый аптекарь Оме, который незаконно лечил больных. Однако господин Бовари, несмотря на финансовые трудности, был счастлив своим предстоящим отцовством. Эмма хотела сына, но родилась девочка. Она назвала её Бертой — это имя она слышала на балу у маркиза. Девочке нашли кормилицу. Жизнь продолжалась. Папаша Руо присылал им по весне индейку. Иногда навещала свекровь, корившая невестку за расточительность. Только общество Леона, с которым Эмма часто встречалась на вечеринках у аптекаря, скрашивало её одиночество. Жизнь шла своим чередом. Леон все больше очаровывался супругой лекаря и «ломал себе голову, как объясниться Эмме в любви».
«В одно из февральских воскресений, снежным днем» госпожа Бовари неожиданно поняла, что Леон влюблен в нее. Осознав, какую власть имеет над молодым человеком, она резко изменила свое поведение: стала чрезмерно холодна, «вся ушла в хозяйство, постоянно бывала в церкви». Однако за маской холодности и благопристойности в душе молодой женщины клокотала смесь ненависти и вожделения. Тем временем «безответная любовь истомила Леона», и он решил уехать в Париж, который манил «музыкой на балах-маскарадах и смехом гризеток».
Лере начал требовать погашение долгов, и Эмме, получившей от мужа доверенность, не оставалось ничего другого, как продать небольшое имение Бовари. Леон заметил, что Эмма «все больше и больше порабощала его личность, и это вызывало в нем внутренний протест». Любовница хотела контролировать каждый его шаг и даже всерьез подумывала о том, «нельзя ли нанять соглядатая, который ходил бы за ним по пятам».
Между тем хитрец Лере принялся настойчиво напоминать о долгах. По подписанным векселям накопилась огромная сумма. Бовари грозила опись имущества. Ужас подобного исхода невозможно было представить. Эмма бросилась к Леону, но её возлюбленный был малодушен и труслив. Его уже и так пугало, что Эмма слишком часто приходит к нему прямо в контору. И он ничем ей не помог. Ни у нотариуса, ни у податного инспектора она также не нашла сочувствия. Тогда её осенило — Родольф! Ведь он давно вернулся к себе в поместье. И он богат. Но бывший её герой, поначалу приятно удивлённый её появлением, холодно заявил: «У меня таких денег нет, сударыня». Тогда женщина отправилась в аптеку и, воспользовавшись отсутствием хозяина, зачерпнула из синей банки «горсть белого порошка, начала тут же глотать» – это был мышьяк. После смерти Эммы кредиторы «поспешили «воспользоваться случаем», требуя от Шарля срочной выплаты долгов. Ему пришлось распродать почти все имущество. И только при виде Берты Шарль «испытывал несказанное наслаждение, радость, насквозь пропитанную горечью». Но даже любовь к дочери не спасла его от стремительного падения на самое дно, когда он случайно нашел любовные письма Эммы к Родольфу и Леону. После смерти отца юная Берта Бовари некоторое время жила с бабушкой, а затем с теткой. Из-за острой нужды «девочке пришлось поступить на прядильную фабрику». Леон вскоре после смерти Эммы удачно женился. Лере открыл новый магазин. Аптекарь получил орден Почётного легиона, о котором давно мечтал. Все они очень преуспели.