Рассказчик, от лица которого ведется повествование, прекрасно знает окрестности Москвы. Любимым его местом был холм с развалинами старинного монастыря. С одной стороны холма простиралась Москва, с другой — рощи и возделанные поля. Рассказчик часто приходил к развалинам, размышлял о судьбах живших в монастыре монахов, рассматривал врата храма, украшенные религиозными сюжетами. Но чаще всего он вспоминал о бедной Лизе. По соседству с монастырем, стоит, разрушаясь, пустая лачуга. Лет тридцать назад жили в ней Лиза с матерью. После смерти отца, зажиточного крестьянина, жена его и дочь жили бедно. Вдова горевала о смерти мужа, слабела с каждым днем и не могла работать. Лиза, которой в год смерти отца было всего пятнадцать, «не щадя редкой красоты своей, трудилась день и ночь». Она ткала холсты, вязала, собирала ягоды, цветы и продавала все это в Москве. Девушка тоже скучала по отцу, но ради матери старалась казаться спокойной и весёлой. Вдова же мечтала найти для дочери хорошего мужа, чтобы после её смерти Лиза не осталась одна. Как-то раз героиня, как обычно, пришла в город – продавать ландыши. На одной из улиц она встретила молодого человека приятной внешности и предложила ему купить цветы. Вместо пяти копеек, которые просила Лиза, молодой человек хотел отдать рубль за «ландыши, сорванные руками прекрасной девушки», но Лиза не взяла лишних денег. Тогда он сказал девушке, что хотел бы всегда быть единственным ее покупателем. Незнакомец спросил Лизу, где она живет, и девушка ответила. Придя домой, Лиза рассказала матери о встрече. На следующий день, насобирав лучших ландышей, Лиза отправилась в Москву, но так и не встретила вчерашнего незнакомца.
Вечером следующего дня молодой человек появился у дома Лизы. Он представился Эрастом, познакомился с матерью девушки и пришёлся ей по душе. Старушка-мать рассказала ему о своем горе и «о милых свойствах» своей дочери. Матери очень понравился Эраст, и она мечтала, чтобы жених Лизы был именно таким. Однако Лиза возразила, что это невозможно: ведь он «барин», а они – крестьяне. Эраст, дворянин по происхождению, «с изрядным разумом и добрым сердцем, добрым от природы, но слабым и ветреным», жаждал только развлечений. Эраста же впечатлила красота Лизы. До сих пор он думал только о своём удовольствии, искал развлечений в светском обществе и часто скучал. Эрасту показалось, что он нашёл в девушке то, что давно искал, поэтому он решил на время покинуть свет. Ночью Лиза спала плохо. Ещё до рассвета она встала и вышла к реке, покрытой туманом. Увидев молодого пастуха, Лиза пожалела, что это не Эраст, ведь тогда они могли бы быть вместе. Тут к берегу в лодке подплыл Эраст, подошёл к Лизе, поцеловал её и признался в любви. Забыв о своей робости, девушка сказала, что тоже любит его. С тех пор каждый вечер встречались Лиза и Эраст, говорили о любви своей, целовались, «чисты и непорочны были их объятия». Девушка вызывала у Эраста восхищение, и все былые светские забавы казались ничтожными. Он был уверен, что никогда не сможет причинить зла своей возлюбленной «пастушке». По просьбе Лизы Эраст часто бывал в гостях у матери ее, та всегда радовалась приходу молодого человека. Прошло несколько недель. Однажды на свидании Лиза сказала Эрасту, что за неё посватался сын богатого крестьянина из соседней деревни. Мать уговаривала её согласиться, но девушка отказала жениху. Эраст начал целовать Лизу и обещал после смерти вдовы взять её к себе. Девушка бросилась в его объятия, «и в сей час надлежало погибнуть непорочности», герои стали близки. Они по-прежнему встречались, но «как все переменилось!». Любовь платоническая сменилась чувствами, которые не были новыми для Эраста. Лиза уступала ему во всём. Она видела, что Эраст изменил своё отношение к ней, и боялась потерять его любовь. Эраст стал приходить реже, и однажды не появлялся несколько дней, а придя наконец на свидание, сказал, что должен проститься на время: идет война, он на службе, и полк его выступает в поход. В день расставания, прощаясь с Эрастом, Лиза «прощалась с душою cвоею». Оба они плакали. На утренней заре влюблённые попрощались, и мир стал для Лизы унылым и печальным. Она скрывала от матери своё горе и плакала, уединившись в лесу. Дни разлуки наполнились для Лизы горечью и тоской.
Прошло почти два месяца, девушка отправилась в Москву за розовой водой для матери. Идя по улице, она обратила внимание на богатую карету и увидела в ней Эраста. В воротах дома, куда въехала карета, Лиза подошла к Эрасту и обняла его. Он был холоден, объяснил Лизе, что помолвлен: жизненные обстоятельства вынуждают его жениться. Просил забыть о нем, говорил, что любил Лизу и любит, желает ей добра. Положив в карман девушки сто рублей, он приказал слуге «проводить ее со двора». Эраст не обманул Лизу, он на самом деле побывал в армии, но не воевал там с врагом, а играл в карты и проиграл почти всё своё состояние. Чтобы расплатиться с долгами, Эрасту пришлось «жениться на пожилой богатой вдове, которая давно была влюблена в него».
«Я погибла!» – только об этом могла думать Лиза, идя куда глаза глядят после встречи с любимым. Очнулась она, оказавшись на берегу пруда, где часто виделись они с Эрастом. Воспоминания о счастливом времени «потрясло ее душу». Увидев соседскую дочь Анюту, девушка передала ей для матери деньги и свои извинения. Сама же бросилась в воды пруда и утонула. Услышав о страшной смерти дочери, бедная вдова тоже умерла, их хижина опустела. Эраст, узнав о гибели Лизы, так и не смог утешиться. Он считал себя убийцей и всю жизнь был несчастлив. Незадолго до смерти Эраста с ним познакомился рассказчик, и тот поведал ему свою историю.