В горах восточной Грузии стоял монастырь. В начале 19 века, когда Грузия только вошла в состав Российской Империи, монастырь процветал, но потом пришёл в упадок, обветшал, и лишь седой старик-сторож охранял старые могилы на монастырском кладбище. В дни процветания мимо монастыря проезжал русский генерал. С собой он вёз пленного мальчика лет шести, дикого, пугливого и слабого. Мальчик не перенёс трудностей длинного пути и тяжело заболел. Один из монахов оставил его у себя и выходил. Мальчик вырос в монастыре, ставшем для него тюрьмой. Сначала он сторонился «ребяческих утех», всех избегал и тосковал по родине, но затем привык к неволе и научился понимать язык, на котором говорили монахи. Старый монах окрестил Мцыри, тот уже готовился и сам стать монахом, но однажды ночью исчез.
Три дня монахи обыскивали окрестности монастыря и наконец нашли юношу, истощённого и обессилевшего. Снова оказавшись в неволе, Мцыри не отвечал на вопросы, стремительно увядал, и вскоре стало ясно, что он умирает. К юноше пришёл вырастивший его монах «с увещеваньем и мольбой». Собрав остатки сил, Мцыри начал свою исповедь. Мцыри признался монаху, что две таких, как у него, жизни он променял бы на «одну, но только полную тревог». С детства его терзала одна, «но пламенная страсть»: он мечтал убежать и увидеть вольный мир, полный «тревог и битв». Мцыри считал, что напрасно старый монах спас его от смерти, ведь жизнь его была угрюмой и одинокой. «Душой дитя, судьбой монах», он не знал отца и матери и поклялся, что отыщет своих родных. На воле Мцыри почувствовал, как память его проясняется. Он смотрел на «седой, незыблемый Кавказ» и понимал, что когда-то жил там. Он вспомнил родное селение в глубоком ущелье, отца и красивых молодых сестёр, которые пели над его колыбелью.
По ущелью бежала быстрая речка, у которой Мцыри играл в детстве, а в доме его отца по вечерам у очага рассказывались длинные истории. Из монастыря Мцыри сбежал ночью во время грозы. Монахи, напуганные грозой, молились у алтаря, но Мцыри не боялся, он «обняться с бурей был бы рад». Так началось его недолгое пребывание на воле, которое стало для Мцыри настоящей жизнью. «Без этих трёх блаженных дней» жизнь Мцыри была бы ещё печальней и мрачней. Мцыри долго блуждал и прилёг отдохнуть только на рассвете. Он слышал, как где-то в горах «кричал и плакал, как дитя», шакал, между камнями скользила змея, но Мцыри не боялся. Он сам, как зверь, сторонился людей и прятался, как змея. Когда рассвело, юноша увидел, что лежит на краю глубокого ущелья, по дну которого текла бурная река.
Юноша лежал, любуясь на окружавшие его деревья и травы, и мечтал, пока из-за полуденного зноя его не начала мучить жажда. Спустившись к реке напиться, Мцыри услышал шум чьих-то шагов. Юноша притаился в кустах и вскоре услышал песню, а затем увидел красивую стройную молодую грузинку в бедной одежде. С кувшином на голове она спускалась к реке за водой. При виде красавицы у Мцыри помутился рассудок. Пока он приходил в себя, грузинка успела набрать воды и уйти. Поодаль юноша увидел два каменных дома, словно сросшихся со скалой. Над плоской крышей одного из них вился дымок. В него и вошла девушка. Воспоминания об этих чудесных минутах Мцыри сохранил до самой смерти и хотел, чтобы они умерли вместе с ним.
Уставший после бессонной ночи юноша прилёг в тени и уснул. Ему снилась молодая грузинка. Уже наступила ночь, взошла луна, «мир тёмен был и молчалив». Мцыри видел огонёк в доме, где жила девушка, ему хотелось войти туда, но он не мог отказаться от своей цели: «пройти в родимую страну». Не обращая внимания на сильный голод, юноша отправился в путь. Потеряв из виду горы, он заблудился и забрёл в чащу леса. Мцыри влез на дерево, увидел, что вокруг — бескрайний лес, и в отчаянии зарыдал. Но даже теперь он не желал «помощи людской», понимая, что для людей он чужой. Блуждая, Мцыри вышел на поросшую мхом поляну.
Вдруг из чащи выскочил «пустыни вечный гость — могучий барс». Юноша вооружился крепким суком, его сердце зажглось жаждой крови и борьбы. Барс почуял врага и напал. Мцыри сумел ударить зверя суком и рассечь ему лоб, но барс не сдался и бросился на юношу. «Сплетясь, как пара змей», человек и дикий зверь упали на землю. Мцыри удалось вонзить сук в шею барса. Сражаясь, он чувствовал себя диким зверем. Получив смертельную рану, барс умер храбро, как воин в бою.
Из леса Мцыри выбрался только утром. Оглядевшись, он понял, что очутился возле монастыря. Все лишения, перенесённые за эти дни, были напрасны: «едва взглянув на божий свет», юноша вернулся к своей тюрьме. Вдалеке зазвенел колокол. Этот звук долгие годы будил юношу, прогоняя сны о родных и близких, о диких и вольных степях, о лёгких и бешеных конях и битвах, в которых Мцыри всех побеждал. Он понял, что никогда не увидит родных. Как хилый цветок, выросший в подземелье, не смог бы расти в прекрасном саду, так и юноша не мог выжить на воле: монастырь, его тюрьма, оставил на нём свою печать. Мцыри упал в траву, охваченный предсмертным бредом. Мцыри чудилось, что он лежит на дне холодной и глубокой реки. Ему нравилась окружавшая его мгла и прохлада. Над ним плавали «рыбок пёстрые стада».
Одна из рыбок, покрытая золотой чешуёй, была особенно ласкова к юноше. Она пела ему, рассказывая, как хорошо и весело будет Мцыри, если он останется с ней навсегда. Израненного, потерявшего сознание Мцыри нашли монахи. Юноша знал, что умирает, но не раскаивался в своём побеге. Печалило его только то, что его никто не оплачет и не похоронит в родной земле. Мцыри попросил старого монаха перед смертью перенести его в монастырский сад и положить так, чтобы был виден Кавказ.