В 1598 году князья Воротынский и Шуйский обсуждают то, что бояре, патриарх, народ уже месяц уговаривают Бориса Годунова стать царем. Однако он сидит в монастыре и не выходит. Воротынский беспокоится, что будет, если Борис так и не пожелает взойти на престол. Шуйский уверен, что этого быть не может, иначе можно считать, что царевича Димитрия убили зря. Шуйский рассказывает, что он был послан в Углич после совершения преступления и узнал настоящего виновника убиения младенца царевича. Обличить Бориса он не посмел. Князья рассуждают о том, что они не менее знатные, чем Годунов, и один из них тоже мог бы стать царем. Тут они слышат, что на площадь идет народ. Из разговоров становится ясно, что Годунов не согласился пока. Патриарх обещает людям завтра продолжать переговоры с Борисом. Народ упрашивает Бориса властвовать над ними. Борис соглашается принять царский венец. Он напоминает боярам, что принял царствование только по необходимости.
Дальше действие переносится в 1603 год. В Чудовом монастыре в келье сидят монахи. Старец Пимен пишет летопись. Проснувшись, монах рассказывает, что уже третий день ему снится все тот же сон: как он с высоты смотрит на Москву, люди снизу указывают на него со смехом, и от страха и стыда он падает вниз. Григорий огорчен, что за свою жизнь почти ничего не видел, тогда как Пимен участвовал в сражениях и видел «двор Иоанна». Монах начинает расспрашивать Пимена о его жизни и узнает, что тот находился в Угличе во время смерти царевича Дмитрия. Если бы Дмитрий остался жив, то был бы ровесником Григория. Пимен объясняет тревожное сновидение молодостью монаха, его горячей кровью. Григорий жалеет, что так рано ушел в монастырь. Пимен вспоминает царя Иоанна Грозного, как он приходил в монастырь каяться. Григорий просит Пимена рассказать об убийстве царевича Димитрия. Старец сказал, что царевича нашли у царицы зарезанным, мать была в горе. Когда привели подозреваемых убийц, они назвали Годунова. Григорий узнает, что убитому царевичу было около семи лет, и сейчас бы он был ровесником Григория.
Становится известно о побеге из монастыря молодого монаха Григория Отрепьева. Старец Пимен, говорит, что Отрепьев напоследок сказал, что станет называться царевичем Димитрием и пойдет править в Москве. Тем временем Годунов в царских палатах мучается от страшных видений. Он спокойно не может жить, потому что часто вспоминает убитого младенца царевича. О происшествии докладывают патриарху, тот распоряжается поймать монаха и отправить его на вечное поселение в Соловецкий монастырь. Самозванец добирается до литовской границы и останавливается переночевать в корчме вместе бродячими монахами. Вдруг на постоялый двор приходят сторожевые приставы, они ищут преступника, объявившего себя царевичем. Зачитав грамоту с приметами самозванца, они разоблачают Отрепьева, но Григорий сбегает от них.
В Москве князь Пушкин сообщает князю Шуйскому о самозванце. Шуйский поражен, на следующий день он является к Борису Годунову и сообщает новость ему. Борис Годунов напуган, он начинает выспрашивать у Шуйского, точно ли царевич Димитрий был убит тогда. Борис грозит Шуйскому. После своей «любимой беседы» – общения с колдуном – Годунов размышляет о том, что он уже царствует шестой год и «кудесники сулят дни безмятежной власти», но в его душе нет счастья, его ничего не радует. Годунов делился с людьми золотом, предоставлял работу, выстроил новые жилища, однако народ не был благодарен царю за сделанное: «живая власть для черни ненавистна, они любить умеют только мертвых». Истинная же причина душевных терзаний царя таится в муках совести: «да, жалок тот, в ком совесть нечиста».
Самозванец в Кракове обещает католическому священнику, что он, истинный правитель Руси, воссядет на престоле и примет католичество, а потом обратит в католичество и всех людей. За эти обещания поляки готовы помогать самозванцу. Некоторые из окружения самозванца искренне верят ему и поэтому, думая, что служат своей стране, помогают. Таков князь Курбский. Донские казаки с радостью поддерживают самозванца. Григорий Отрепьев направляется к Москве. Уже он в Самборе, и там он влюбляется в дочь воеводы Мнишека. Ночью на свидании с Мариной Отрепьев раскрывает ей свою тайну, говорит, что он всего лишь черноризец, назвавшийся царевичем Димитрием. Гришка Отрепьев потерял голову, он мечтает только о любви Марины. Она холодна и расчетлива. Смеется над Григорием, что он не выдержал и все рассказал ей. Обещает стать его женой, только когда самозванец будет царем.
Борис Годунов собирает бояр и просит их придумать, как справиться с самозванцем. На заседании царской думы обсуждают, что Самозванец захватил Чернигов. Царь просит бояр и патриарха спасти город, предлагая принести останки Дмитрия в Кремль, чтобы все увидели, что царевич мертв. Однако Шуйский советует пока повременить с этим, вызываясь самостоятельно поговорить с народом. Патриарх рассказывает, что около могилы убиенного царевича совершаются чудеса. Если бы царевич не был убит, не было бы чудес. В Москве при народе Бориса Годунова обличает юродивый Николка. Он говорит, что его воины обижают. Просит Годунова приказать их зарезать, как это было сделано с царевичем. Лжедмитрий продолжает наступление, Борис Годунов тем временем неожиданно умирает в Москве. По приказу князя Пушкина Лжедмитрий провозглашен царем, дети Годунова и его жена задушены. Народу сказано, что Мария Годунова и ее дети отравились. И когда люди слышат, что царем их будет царевич Димитрий (самозванец), они молчат. Этот молчаливый протест показывает, что народ не так наивен и бездумен, как думают власти. Царь хотел добра для своего народа, но добиться влияния мог только через кровопролитие. Однако народ не принял цареубийцу. В финале произведения новый правитель делает то же самое: убивает наследников Годунова. Люди, наконец, понимают, что на престол пришел не обиженный наследник, а убийца сирот. Ужаснувшись, народ молчит.