События повести происходят в 1960-х годах в России, в деревне Матёра, которая расположена в Восточной Сибири. Для деревни Матёры, стоящей на острове с таким же названием, наступила последняя весна. Ниже по течению строили плотину для гидроэлектростанции, и на месте острова разольётся огромное водохранилище. В этом году хлеба сеяли не на всех полях, а многие матёринцы уже жили на два дома, наезжая в деревню, только чтобы посадить картошку. Деревня «повяла, как подрубленное дерево, откоренилась, сошла с привычного хода». Остров в форме утюга растянулся по Ангаре на пять вёрст. С нижнего конца к нему притулился островок Подмога, где у матёринцев были дополнительные поля и сенокосы. На своём веку Матёра повидала и бородатых казаков, и торговых людей, и каторжников.
От колчаковцев на верхнем конце острова остался барак. Была и церквушка, построенная на деньги похороненного здесь же купца, которую «в колхозную пору приспособили под склад», и мельница. На старом пастбище дважды в неделю садился самолёт — возил народ в город. Так и жила Матёра более трёхсот лет, пока не пришла пора умирать. К лету в деревне остались только дети да старики. Три старухи — Дарья, Настасья и Сима — любили пить чай из медного красавца-самовара. Чаёвничая, они вели долгие беседы. Часто к ним присоединялся старик Богодул, живший в колчаковском бараке. Дед был дремучим, как леший, и разговаривал в основном матом. Дарья и Настасья были местными, а Сима приехала на Матёру в поисках «старика, возле которого она могла бы греться», но единственный в деревне бобыль испугался немой Симиной дочки Вальки. Сима поселилась в пустующей избушке на краю деревни. Валька выросла, родила неизвестно от кого сына и бросила его, бесследно исчезнув.
Так и осталась Сима с пятилетним внучком Колькой, диким и молчаливым. Настасья с мужем Егором остались на старости лет одни: двух сыновей забрала война, третий провалился с трактором под лёд и утонул, а дочь умерла от рака. Настасья начала «чудить» — наговаривать невесть что на своего старика: то он угорел до смерти, то кровью истёк, то плакал всю ночь. Добрые люди не замечали Настасьиной «свихнутости», злые издевались. «Со зла или от растерянности» дед Егор поменял свой дом не на посёлок, а на квартиру в городе, где строились дома для одиноких стариков. Ему и бабке Настасье предстояло первыми попрощаться с Матёрой. Старухи мирно чаёвничали, когда в дом ворвался Богодул и крикнул, что чужие грабят кладбище. Матёринцы ворвались на сельское кладбище, где незнакомые рабочие уже заканчивали стаскивать в кучу кресты, ограды, тумбочки. Это была санитарная бригада, присланная санэпидстанцией, чтобы очистить затопляемые территории. Собравшийся со всей деревни народ остановил рабочих. Напрасно председатель сельсовета Воронцов объяснял, что так положено. Матёринцы отстояли кладбище и весь вечер прилаживали обратно кресты на родных могилках.
Богодула знали давно: он менял в окрестных деревнях мелкую бакалею на продукты. Матёру он выбрал своим последним пристанищем. Зимой Богодул жил то у одной, то у другой старухи, а летом перебирался в колчаковский барак. Несмотря на постоянную матерщину, бабки любили его и наперебой привечали, а старики недолюбливали. Внешне Богодул не менялся много лет и был похож на дикого лесного человека. Ходили слухи, что он поляк и бывший каторжник, сосланный за убийство, но доподлинно о нём ничего не знали. О переселении Богодул и слушать не хотел. Дарья тяжело пережила разорение кладбища, ведь там лежали все её предки. Она не доглядела, допустила разорение, а скоро и вовсе всё водой зальёт, и ляжет Дарья в чужую землю вдали от родителей и дедов. Родители Дарьи умерли в один год.
Мать — внезапно, а отец, придавленный мельничным жерновом, долго болел. Об этом Дарья рассказывала зашедшему на чай Богодулу, сетовала, что истончили, истрепали люди совесть так, что «и владеть ей не способно», только для показу и хватает. Потом Дарья пустилась в воспоминания о Матёре и своей семье. Её мать была не местной: отец привёз её «с бурятской стороны». Воды она боялась всю жизнь, но теперь только Дарья поняла, к чему был тот страх. Дарья родила шестерых детей. Старшего забрала война, младшего зашибло деревом на лесоповале, дочь умерла при родах. Осталось трое — два сына и дочь. Старший сын, пятидесятилетний Павел, теперь жил на два дома и приезжал изредка, уставший от царившего в свежеиспечённом совхозе беспорядка. Дарья просила сына перенести к посёлку могилки родителей — тот обещал, но как-то неуверенно.
Посёлок, в который съедутся люди из двенадцати подлежащих затоплению деревень, состоял из двухэтажных домиков, в каждом — по две квартиры в два уровня, соединённых крутой лесенкой. При домиках — крохотный участок, погребок, курятник, закуток для свиньи, а вот корову поставить было негде, да и покосов с выгонами там не было: посёлок окружала тайга, которую сейчас усиленно корчевали под пашни. Тем, кто переезжал в посёлок, выплачивали хорошую сумму при условии, что они сами сожгут свой дом. Молодые дождаться не могли, чтобы «подпалить отцову-дедову избу» и поселиться в квартире со всеми удобствами. Получить деньги за избу спешил и беспутный сын старухи Катерины, Петруха, но его дом объявили памятником деревянного зодчества и обещали увезти в музей. Хозяин Матёры, «маленький, чуть больше кошки, ни на какого другого зверя не похожий зверёк», которого не могли увидеть ни люди, ни звери, тоже предчувствовал, что острову приходит конец. По ночам он обходил деревню и окрестные поля.
Пробегая мимо барака Богодула, Хозяин уже знал, что старик живёт последнее лето, а у хаты Петрухи он почувствовал горький запах гари: и этот древний дом, и остальные избы готовились к неминуемой гибели в огне. Пришла пора уезжать Настасье. Со своим домом она прощалась трудно, не спала всю ночь и вещи не все забрала: в сентябре она собиралась вернуться, чтобы выкопать картошку. В доме остался весь нажитый дедами скарб, ненужный в городе. Утром дед Егор увёз плачущую Катерину, а ночью загорелась Петрухина изба. Накануне он вернулся на остров и велел матери съезжать. Катерина ночевала у Дарьи, когда начался пожар. Дарья была старухой с характером, крепкой и авторитетной, вокруг которой собрались оставшиеся в Матёре старики. Столпившиеся вокруг горящего дома матёринцы молча смотрели на огонь. Петруха бегал между ними и рассказывал, что изба загорелась внезапно, а он чуть не сгорел заживо. Народ знал Петруху как облупленного и не верил ему.
Только Хозяин видел, как Петруха поджёг родной дом, и чувствовал боль старой избы. После пожара Петруха исчез вместе с полученными за дом деньгами, а Катерина осталась жить у Дарьи. Зная, что мать теперь не одна, Павел приезжал ещё реже. Он понимал, что плотину построить необходимо, но, глядя на новый посёлок, только руками разводил: настолько нелепо он был построен. Аккуратный ряд домиков стоял на голом камне и глине. Для огорода нужен был привозной чернозём, а неглубокие погреба сразу же затопило. Видно было, что посёлок строили не для себя и меньше всего думали, удобно ли будет в нём жить. Сейчас Павел работал бригадиром, распахивал «бедную лесную землицу», жалел о богатых землях Матёры и думал, не слишком ли это большая цена за дешёвую электроэнергию? Он смотрел на ни в чём не сомневающуюся молодёжь и чувствовал, что стареет, отстаёт от слишком быстрой жизни. Жена Павла, Соня, была в восторге от «городской» квартиры, но Дарье здесь никогда не привыкнуть. Павел знал это и боялся того дня, когда ему придётся увозить мать с Матёры.
Петруха убрался с Матёры, не оставив матери ни копейки. Катерина осталась жить «на Дарьиных чаях», но не теряла надежды, что сын остепенится, устроится на работу, и у неё будет свой угол. Катерина, никогда не бывшая замужем, прижила Петруху от женатого матёринского мужика Алёши Звонникова, погибшего на войне. Петруха взял от отца «лёгкость, разговорную тароватость», но если у Алёши она была после дела, то у Петрухи — вместо него. Окончив курсы трактористов, он сел на новенький трактор и по пьяни крушил на нём деревенские заборы. Трактор отобрали, и с тех пор Петруха переходил с работы на работу, нигде долго не задерживаясь. Семьи у Петрухи не было: бабы, которых он привозил из-за Ангары, сбегали через месяц. Даже имя его не было настоящим. Петрухой Никиту Зотова прозвали за разгильдяйство и никчёмность. Дарья сурово винила Катерину в том, что та вконец распустила сына — та тихо оправдывалась: никто не знает, как такие люди получаются, а её вины в том нет. Сама Дарья тоже немного с детьми возилась, однако все людьми выросли. На себя Катерина уже рукой махнула — «куды затащит, там и ладно».
Незаметно проходили летние дни, которые старухи и Богодул коротали за долгими разговорами. А потом начался сенокос, на Матёру съехалось полдеревни, и остров ожил в последний раз. Павел снова вызвался в бригадиры, народ работал с радостью, а домой возвращались с песней, и навстречу этой песне выползали из домов самые древние старики. На Матёру приехали не только свои, из совхоза — наезжали из дальних краёв те, кто жил здесь когда-то, чтобы попрощаться с родной землёй. То и дело происходили встречи давних друзей, соседей, одноклассников, а за деревней вырос целый палаточный городок. По вечерам, забывая об усталости, матёринцы собирались на долгие посиделки, «помня, что не много остаётся таких вечеров». После двухнедельного отсутствия явился в Матёру и Петруха, одетый в нарядный, но уже порядком замызганный костюм. Выделив матери немного денег, он таскался то по деревне, то по посёлку, и всем рассказывал, какой он «до зарезу» необходимый человек.
Во второй половине июля начались затяжные дожди, и работу пришлось прервать. К Дарье приехал внук Андрей, младший сын Павла. Его старший сын женился «на нерусской» и остался на Кавказе, а средний учился в Иркутске на геолога. Андрей, год назад вернувшийся из армии, работал в городе на заводе. Теперь он уволился, чтобы поучаствовать в постройке ГЭС. Андрей считал, что сейчас у человека в руках великая сила, он всё может. Дарья возражала внуку: людей жалко, потому что они «про своё место под богом забыли», вот только бог их место не забыл и следит за загордившимся не в меру человеком. Сила-то большая людям дана, но люди так и остались маленькими: не они хозяева жизни, а «она над ними верх взяла». Суетится человек, пытается догнать жизнь, прогресс, но не может, оттого и жалеет его Дарья. Андрея привлекала известная на весь Советский Союз стройка. Он считал, что должен поучаствовать в чём-то великом, пока молод. Павел не пытался переубедить сына, но и понять его он тоже не мог, осознав, что сын его — «из другого, из следующего поколения». Дарья же, вдруг поняв, что это её внук будет «пускать воду» на Матёру, неодобрительно замолчала.
Дождь продолжался, и от затяжного ненастья на душе у матёринцев стало смутно и тревожно: они начали осознавать, что Матёры, казавшейся вечной, скоро не будет. Собираясь у Дарьи, матёринцы толковали об острове, о затоплении и новой жизни. Старики жалели родину, молодёжь стремилась в будущее. Приходила сюда и Тунгуска, женщина «древних тунгусских кровей», которую незамужняя дочь, директор местного зверосовхоза, временно поселила в пустующем доме. Тунгуска молча курила трубку и слушала. Павел чувствовал, что правы и старики, и молодёжь, и невозможно здесь найти «одной, коренной правды». Приехавший на Матёру Воронцов заявил, что к середине сентября картошка должна быть выкопана, а остров полностью очищен от построек и деревьев. Двадцатого числа ложе будущего водохранилища будет принимать государственная комиссия. На следующий день выглянуло солнце, подсушило размокшую землю, и сенокос продолжился, но дождь унёс рабочий «азарт и запал».
Теперь люди спешили поскорей закончить работу и устроиться на новом месте. Дарья ещё надеялась, что Павел успеет перенести могилки её родителей, но его срочно вызвали в посёлок: один из рабочих его бригады сунул руку в станок. Через день Дарья отправила в посёлок Андрея, разузнать об отце, и снова осталась одна — копалась в огороде, собирала никому теперь ненужные огурцы. Вернувшись, Андрей доложил, что отца, который отвечал за технику безопасности, «таскают по комиссиям» и самое большее влепят выговор. Внук уехал, даже не попрощавшись с родными местами, а Дарья окончательно поняла, что родные могилки останутся на Матёре и уйдут вместе с ней под воду. Вскоре исчез и Петруха, старухи снова стали жить вместе. Наступил август, урожайный на грибы и ягоды, — земля словно чувствовала, что родит в последний раз. Павла сняли с бригадирства, перевели на трактор, и он снова начал приезжать за свежими овощами. Глядя на усталого, сгорбленного сына, Дарья размышляла, что не хозяин он себе — подхватило их с Соней и несёт. Можно уехать ко второму сыну в леспромхоз, но там «сторона хоть и не дальняя, но чужая». Лучше уж проводить Матёру и отправиться на тот свет — к родителям, мужу и погибшему сыну. У мужа Дарьи могилы не было: он пропал в тайге за Ангарой, и она редко о нём вспоминала.
На уборку хлеба нагрянула «орда из города»: три десятка молодых мужиков и три подержанные бабёнки. Они перепились, начали буйствовать, и бабки боялись выходить вечером из дому. Не боялся работничков только Богодул, которого те прозвали «Снежным человеком». Матёринцы начали потихоньку вывозить с острова сено и мелкую живность, а на Подмогу прибыла санбригада и подожгла островок. Потом кто-то поджёг старую мельницу. Остров заволокло дымом. В день, когда сгорела мельница, к Дарье переехала Сима с внуком, и снова начались долгие разговоры: перемывали кости Петрухе, который нанялся поджигать чужие дома, обсуждали будущее Симы, которая всё ещё мечтала об одиноком старичке. Убрав хлеб, «орда» съехала, на прощание спалив контору. Колхозную картошку убирали школьники — «шумное, шныристое племя». Очистив Подмогу, санбригада перебралась на Матёру и поселилась в колчаковском бараке. Матёринцы съехались выбирать свою картошку, приехала и Соня, окончательно ставшая «городской». Дарья понимала, что в посёлке хозяйкой будет она. Настасья не приехала, и старухи сообща убрали её огород. Когда Павел увёз корову, Дарья отправилась на кладбище, оказавшееся разорённым и выжженным. Найдя родные холмики, она долго жаловалась, что именно ей выпало «отделиться», и вдруг словно услышала просьбу прибрать избу, перед тем как проститься с ней навсегда. Представилось Дарье, что после смерти она попадёт на суд своего рода. Все будут сурово молчать, и заступится за неё только погибший в малолетстве сын.
Cанбригада подступилась наконец к вековой лиственнице, росшей возле села. Местные называли могучее дерево, с которым было связано множество легенд, «лиственем» и считали его основой, корнем острова. Древесина лиственя оказалась твёрдой, как железо, не брали его ни топор, ни бензопила, ни огонь. Пришлось рабочим отступиться от непокорного дерева. Пока санбригада воевала с лиственем, Дарья прибирала избу: белила печь и потолки, скребла, мыла. Сима, Катерина и Богодул тем временем свозили в барак Настасьину картошку. Завершив свой тяжкий и скорбный труд, Дарья осталась ночевать одна и молилась всю ночь. Утром, собрав вещи и позвав пожогщиков, она ушла, бродила неведомо где весь день, и чудилось ей, что рядом бежит невиданный зверёк и заглядывает в глаза. Вечером Павел привёз Настасью. Та рассказала, что дед Егор долго болел, отказывался от еды, не выходил из квартиры и недавно умер — не прижился на чужом месте. Зная Настасьины странности, старухи долго не могли поверить, что крепкого и сурового Егора больше нет. Настасья по подсказке Дарьи предложила Симе жить вместе. Теперь бабки ютились в Богодуловом бараке, дожидаясь, пока за ними приедет Павел. Глядя на догорающую избу, Павел не чувствовал ничего, кроме неловкого удивления: неужели он здесь жил? Приехав в посёлок, Павел ощутил «облегчающую, разрешившуюся боль»: наконец-то всё кончилось, и он начнёт обживать новый дом.
Вечером к Павлу явился Воронцов в сопровождении Петрухи и отругал за то, что старухи до сих пор не вывезены с острова — утром нагрянет комиссия, а барак ещё не сожжён. Воронцов решил самолично отправиться на Матёру и взял Павла и Петруху с собой. Переправляясь на катере через Ангару, они заблудились в густом тумане. Пробовали кричать, надеясь, что старухи услышат, но туман гасил все звуки. Павел жалел, что согласился на эту поездку: он знал, что бабки испугаются ночного выселения. Старухи проснулись в окружённом туманом бараке, словно на том свете. С острова слышался тоскливый вой — плач Хозяина, а с реки — слабый шум мотора.