События романа происходят в 1692–1704 годах в разных местах России (в Москве, Архангельске, на Неве), а также в Германии, Голландии, Англии. К концу XVII в. после смерти государя Федора Алексеевича в России начинается борьба за власть. Бунтуют стрельцы, подстрекаемые царевной Софьей и её любовником, честолюбивым князем Василием Голицыным. Стало в Москве два царя — малолетние Иван Алексеевич и Петр Алексеевич, а выше их — правительница Софья. «И все пошло по-старому. Ничего не случилось. Над Москвой, над городами, над сотнями уездов, раскинутых по необъятной земле, кисли столетние сумерки — нищета, холопство, бездолье».
В те же годы в деревне, на землях дворянина Василия Волкова, живёт крестьянская семья Бровкиных. Старший, Ивашка Бровкин, берет с собой в Москву сына Алешку; в столице, испугавшись наказания за пропавшую упряжь, Алеша сбегает и, познакомившись с ровесником Алексашкой Меншиковым, начинает самостоятельную жизнь, пристраивается торговать пирогами. Однажды Алексашка Меншиков удит рыбу на Яузе возле Лосиного острова и встречает мальчика в зелёном нерусском кафтане. Алексашка показывает царю Петру (а это именно он) фокус, без крови прокалывает иглой щеку. Они тут же расстаются, не зная, что встретятся вновь и уже не расстанутся до смерти...
В Преображенском, где живут подрастающий Петр и его мать Наталья Кирилловна, тихо и скучно. Молодой царь томится и находит отдушину в Немецкой слободе, где знакомится с живущими в России иноземцами и среди них — с обаятельным капитаном Францем Лефортом (в услужении у которого к тому времени находится Алексашка Меншиков) и, кроме того, влюбляется в Анхен, дочь зажиточного виноторговца Монса. Чтобы остепенить Петрушу, мать Наталья Кирилловна женит его на Евдокии Лопухиной. В Преображенском Петр весь отдаётся учениям с потешным войском, прообразом будущей российской армии. Капитан Федор Зоммер и другие иностранцы всячески поддерживают его начинания. Алексашку царь забирает к себе постельничим, и ловкий, проворный и вороватый Алексашка становится влиятельным посредником между царём и иноземцами. Он устраивает своего приятеля Алешу Бровкина в «потешное» войско барабанщиком, помогает ему и впредь. Случайно встретив в Москве своего отца, Алеша даёт ему денег.
С этого малого капитала у хозяйственного мужика Ивана Бровкина дела сразу идут в гору, он выкупается из крепостной зависимости, становится купцом, его — через Алексашку и Алешу — знает сам царь. Дочь Бровкина Саньку Петр выдаёт за Василия Волкова, бывшего господина Бровкиных. Это уже предвестие больших перемен в государстве («Отныне знатность по годности считать» — будущий девиз царя Петра). Начинается новый стрелецкий бунт в пользу Софьи, но Петр с семьёй и приближёнными уходит из Преображенского под защиту стен Троицкого монастыря. Мятеж угасает, стрелецких главарей страшно пытают и казнят, Василия Голицына отправляют с семьёй в вечную ссылку в Каргополь, Софью запирают в Новодевичьем монастыре. Петр отдаётся разгулу, а его беременная жена Евдокия, мучась ревностью, занимается ворожбой, пытаясь извести проклятую разлучницу Монсиху. У Петра рождается наследник — Алексей Петрович, умирает мать Наталья Кирилловна, но трещина между Петром и Евдокией не исчезает.
Среди иностранцев про Петра ходят разные слухи, на него возлагают большие надежды. «Россия — золотое дно — лежала под вековой тиной... Если не новый царь поднимет жизнь, то кто же?» Франц Лефорт становится нужен Петру, как умная мать ребёнку. Петр начинает поход на Крым (предыдущий — Василия Голицына — закончился позорной неудачей); а часть армии идёт войной на турецкую крепость Азов. И этот поход кончился бесславно, но идёт время, Петр проводит свои реформы, трудно рождается новый, XVIII век. От непомерных тягот народ начинает разбойничать или уходит в леса к раскольникам, но и там их настигают государевы слуги, и люди сжигают себя в избах или церквях, чтобы не попасть в антихристовы руки. «Западная зараза неудержимо проникла в дремотное бытие...
Боярство и поместное дворянство, духовенство и стрельцы страшились перемены (новые дела, новые люди), ненавидели быстроту и жестокость всего нововводимого... Но те, безродные, расторопные, кто хотел перемен, кто заворожённо тянулся к Европе... — эти говорили, что в молодом царе не ошиблись». Петр начинает строить в Воронеже корабли, и с помощью флота Азов все-таки взят, но это приводит к столкновению с могущественной Турецкой империей. Приходится искать союзников в Европе, и царь (под именем урядника Преображенского полка Петра Михайлова) едет с посольством в Кенигсберг, в Берлин, а потом в желанную его сердцу Голландию, в Англию. Там он живёт как простой мастеровой, овладевая необходимыми ремёслами. В его отсутствие в России начинается брожение: царь, дескать, умер, иностранцы подменили царя. Неукротимая Софья вновь подстрекает стрельцов к мятежу, но и этот бунт подавлен, а по возвращении Петра в Москву начинаются пытки и казни.
«Ужасом была охвачена вся страна. Старое забилось по темным углам. Кончалась византийская Русь». Царицу Евдокию Федоровну отправляют в Суздаль, в монастырь, а её место занимает беззаконная «кукуйская царица» Анна Монс; её дом так на Москве и называют — царицын дворец. Умирает Франц Лефорт, но дело его живёт. В Воронеже закладываются все новые корабли, и вот уже целая флотилия плывёт в Крым, потом на Босфор, и турки ничего не могут поделать с новой, неизвестно откуда взявшейся морской силой России. Богач Иван Артемьич Бровкин занимается поставками в армию, у него большой дом, многие именитые купцы у него в приказчиках, сын Яков — на флоте, сын Гаврила — в Голландии, младший, получивший отменное образование Артамон — при отце. Александра, Санька, ныне знатная дама и грезит о Париже. А Алексей Бровкин влюбляется в царевну Наталью Алексеевну, сестру Петра, да и она к нему неравнодушна.
В 1700 г. молодой и храбрый шведский король Карл XII разбивает под Нарвой русские войска; у него сильнейшая армия, и уже кружится голова в предчувствии славы второго Цезаря. Карл занимает Лифляндию и Польшу, хочет броситься за Петром в глубь Московии, но генералы его отговаривают. А Петр мечется между Москвой, Новгородом и Воронежем, заново воссоздавая армию; строятся корабли, отливаются (из монастырских колоколов) новые пушки. Дворянская иррегулярная армия ненадёжна, теперь на её место набирают всех желающих, а от кабалы и мужицкой неволи желающих много.
Под командованием Бориса Петровича Шереметева русские войска овладевают крепостью Мариенбург; среди пленных и солдат генерал-фельдмаршал замечает хорошенькую девушку с соломой в волосах («...видимо, в обозе уже пристраивались валять её под телегами...») и берет её экономкой, но влиятельный Александр Меншиков забирает красавицу Катерину себе. Когда Петр узнает об измене Анны Монс с саксонским посланником Кенгисеком, Меншиков подсовывает ему Катерину, которая приходится царю по сердцу (это будущая царица Екатерина I). «Конфузия под Нарвой пошла нам на великую пользу, — говорит Петр. — От битья железо крепнет, человек мужает». Он начинает осаду Нарвы, её защитник генерал Горн не желает сдавать город, что приводит к бессмысленным страданиям его жителей. Нарва взята яростным штурмом, в гуще боя виден бесстрашный Меншиков со шпагой. Генерал Горн сдаётся. Но: «Не будет тебе чести от меня, — слышит он от Петра. — Отведите его в тюрьму, пешком, через весь город, дабы увидел печальное дело рук своих...»