Гекльберри Финн, от лица которого ведётся повествование, разбогател и живёт у вдовы Дуглас. С помощью своей сестры, старой девы мисс Уотсон, вдова всеми силами старается воспитать из него культурного человека. От мук Гека спасает только лучший друг Том Сойер, способный придумать кучу разных забав. Постепенно Гек привыкает к цивилизованной жизни, ему даже начинает нравиться ходить в школу. Вдова Дуглас собирается усыновить мальчика. Отец Гека, пьяница Финн, не появлялся в Сент-Питерсберге уже около года, все считают, что он утонул. Однажды за завтраком Гек рассыпает соль. Дурная примета сбывается — в тот же день мальчик видит на свежевыпавшем снегу хорошо знакомый след. Ботинки, на подошве которых набит крест из гвоздей, в городке носил только старик Финн. Гек тотчас мчится к судье Тэтчеру и отдаёт ему все свои деньги, чтобы отец их не пропил. В тот же вечер папаша Финн объявляется собственной персоной. Он заявляет права на сына и его деньги и запрещает Геку посещать школу, не желая, чтобы сын стал умнее его. Вдова Дуглас и судья Тэтчер решают отсудить Гека у папаши Финна, но новый судья, не знакомый со стариком, считает, что нехорошо отбирать у отца единственного сына, и берётся перевоспитать старого пьяницу. Из этого ничего не выходит — папаша Финн пьёт и дебоширит. Школу Гек не бросает назло отцу. Наконец, у вдовы Дуглас кончается терпение, она грозит папаше Финну тюрьмой. Разозлившись, старик похищает Гека и запирает в лесной хижине. Гек возвращается к прежней жизни. Его устраивает всё, кроме частых запоев папаши, во время которых он гоняется за сыном с ножом в руках. Поняв, что когда-нибудь отец его прирежет, Гек инсценирует своё собственное убийство, сбегает на найденном у берега Миссисипи челноке и прячется на острове Джексона.
Выспавшись и понаблюдав, как его труп ищут в реке, Гек обследует остров и натыкается на Джима, негра мисс Уотсон. Она решила продать Джима на Юг, и негр сбежал в северные штаты, чтобы стать свободным, заработать денег и выкупить свою семью. Гек находит пещеру в самой высокой точке острова, и они с Джимом неплохо устраиваются. Вскоре начинается страшная гроза с сильным дождём, Миссисипи выходит из берегов и затапливает остров, но до пещеры вода не добирается. Гек и Джим ловят в реке звено от плота с прочным настилом. Затем мимо их острова проплывает целый дом. Гек с Джимом обыскивают его, находят много полезных вещей, деньги и труп мужчины, к которому негр мальчика не подпускает. Гек решает наведаться в город и разузнать последние новости. Переодевшись в женское платье, он стучится в дом на окраине, где живут недавно переехавшие в городок люди. Незнакомая женщина рассказывает Геку, что сперва в его убийстве подозревали папашу Финна, который исчез неведомо куда. Теперь же убийцей считают беглого негра Джима и ищут его по всей округе. Женщина заметила дым над островом и отправила туда своего мужа посмотреть, не негр ли там прячется. Она быстро понимает, что Гек не девочка, но отпускает его, поверив в новую ложь. Гек мчится на остров, они с Джимом быстро собираются и отправляются в путь.
Гек и Джим строят на плоту шалаш и отправляются вверх по Миссисипи, на север. Плывут они по ночам, питаясь тем, что Геку удаётся купить или стащить в прибрежных городках. На пятую ночь они попадают в сильную грозу. Течением их сносит на полузатопленный пароход, который разбился о скалу. Забравшись на пароход, Гек становится свидетелем разборки между бандитами, которые не могут поделить украденное золото. Один из бандитов хочет донести на своих подельников, и двое остальных решают убить доносчика — связать и оставить на тонущем пароходе. Гек решает поскорее удрать, возвращается к Джиму и обнаруживает, что плохо привязанный плот уплыл. Не замеченные бандитами, Гек и Джим угоняют их лодку со всем добром. Бандиты остаются на тонущем пароходе. Добравшись до ближайшего парома, Гек посылает к пароходу людей, но они никого не находят. Гек и Джим догоняют свой плот, а днём обнаруживают среди награбленного бандитами добра множество полезных и дорогих вещей.
Гек и Джим продолжают свой путь к городу Каиру на границе штата Иллинойс, за которым начинаются свободные от рабства земли. По дороге они теряются в тумане и снова находят друг друга. Гека мучает совесть, ведь он увёл негра от его законной хозяйки и помогает ему стать свободным, но предать Джима он не может. Вскоре выясняется, что они проплыли мимо Каира. Без лодки, которую друзья потеряли, плыть вверх по течению невозможно, и плот поворачивает на юг. Одной очень тёмной ночью путешественники не успевают разминуться с идущим навстречу пароходом, и плот тонет. Гек теряет Джима, выбирается на берег и натыкается на большое поместье. Гек придумывает себе новое имя, историю и остаётся в богатом доме семьи Грэнджерфордов. Глава семьи, полковник, его сыновья и дочери — люди очень благородные. С давних пор они враждуют с Шепердсонами — соседним аристократическим родом. Никто уже не помнит, с чего началась кровная вражда, но дело зашло далеко, Грэнджерфорды и Шепердсоный убивают друг друга десятками. Гек не хочет вмешиваться во вражду, которая его не касается, но однажды он, сам того не подозревая, передаёт младшей дочери полковника, Софии, письмо от молодого Шепердсона. В тот же день один из негров Грэнджефордов приводит Гека на болото, где мальчик встречает пропавшего Джима. Местные рабы спрятали его на маленьком острове посреди болота. Они же нашли плот и помогли Джиму его починить. На следующий день София сбегает с кровным врагом, чтобы выйти за него замуж. Влюблённым удаётся уйти от погони, и между Грэнджефордами и Шепердсономи начинается резня, в результате которой оба рода уничтожаются под корень. Геку остаётся только жалеть, что он не рассказал полковнику про ту проклятую записку. Переждав резню на дереве, Гек пробирается на болото к Джиму, и друзья вновь отправляются в путешествие.
Проходит несколько суток. Друзья снова плывут по ночам и наслаждаются жизнью. Однажды Гек находит пустой челнок и переправляется на берег поискать в лесу ягод. Там он встречает двоих мужчин, которые «ничего такого не делали, потому за ними и гонятся с собаками». Гек спасает их и переправляет на свой плот. Бродяги оказываются прожжёнными аферистами. Гек понимает, что оба — мошенники, но не хочет с ними ссориться и Джима не разуверяет. Гек скрывает от мошенников правду о себе и Джиме и придумывает очередную легенду про одинокого сиротку. Мошенники присоединяются к Геку и Джиму. Путешествуя вниз по Миссисипи, они «собирают дань» с прибрежных городков. Герцог учит короля разыгрывать шекспировские пьесы, а король при каждом удобном случае выступает в роли проповедника и обирает доверчивых горожан. Чтобы свободно путешествовать днём, мошенники выдают Джима за беглого раба, которого поймали и везут к хозяину. Они не подозревают, что так оно и есть. Заметив, что спектакли по пьесам Шекспира успехом не пользуются, герцог размалёвывает короля красками и заставляет скакать по сцене голышом. Представление получается смешным, но очень коротким. Публика понимает, что её надули, и на следующее представление приходит с полными карманами гнилых фруктов, тухлых яиц и дохлых кошек. Герцогу и королю приходится спасаться бегством. После этого наивный Джим окончательно убеждается, что все короли — мошенники. Гек не хочет огорчать Джима ещё и потому, что бедный негр очень тоскует по своей семье, оставшейся в рабстве.
В одном из городков король снова собирается представиться проповедником. Он хочет сделать вид, что прибыл из крупного города, для чего следует попасть на пароход. Добираясь на челноке до судна, король подсаживает попутчика, от которого узнаёт, что в городке умер богатый человек Питер Уилкс. Всё золото он оставил своим братьям-англичанам — Уильяму и глухонемому Гарви — которых не видел с детства. Король решает выдать себя за преподобного Уильяма, а герцога — за Гарви. Обман удаётся. Обманщики прибывают в городок перед самыми похоронами, и все им сочувствуют. Не убеждает игра мошенников только местного доктора. Три дочери Уилкса не хотят его слушать и в знак доверия отдают обманщикам мешок с шестью тысячами долларов золотом. Этого мошенникам мало. Они обещают забрать «племянниц» в Англию и уговаривают их продать дом и рабов. Гек сочувствует добрым и кротким девушкам. Он решает помочь им, крадёт золото у мошенников и пытается вынести его из дому, чтобы спрятать, а потом отдать сёстрам Уилкс. Это ему не удаётся, и Гек прячет деньги в гробу, который вскорости заколачивают. Сразу после похорон король начинает распродавать имущество сестёр. Он не боится оставить девушек без средств — когда обман раскроется, все сделки признают недействительными. Мошенники обнаруживают пропажу золота, но Гек всё сваливает на рабов, которых они только что продали.
Сёстрам Уилкс жаль негров, которые уже стали членами семьи. Не в силах смотреть на их слёзы, Гек проговаривается старшей сестре Мэри-Джейн, что негры к ним вскоре вернутся. Затем Геку приходится выложить и остальное. Гек представляется Мэри-Джейн несчастной жертвой мошенников и придумывает, как засадить их в тюрьму, а самому смыться. Девушку он отправляет к друзьям за город, условившись, что вечером она вернётся и поставит на окно условный знак — свечу. Если Гек после этого не объявится, Мэри-Джейн всё расскажет доктору. Напоследок Гек отдаёт девушке записку, в которой сказано, где спрятаны деньги. Днём мошенники начинают аукцион. Они успевают всё распродать, когда в городке объявляются настоящие братья покойного Уилкса, а следом появляется и свидетель, который видел, как король садится на пароход. Мошенники, однако, сдаваться не желают. Тогда доктор просит всех претендентов на наследство описать татуировку на груди покойного, а потом раскопать могилу и узнать, кто сказал правду. По дороге на кладбище Гек жалеет, что отослал из города Мэри-Джейн, которая могла бы его спасти. Гек сбегает в тот момент, когда в гробу находят мешок с золотом. Он мчится к плоту, и они с Джимом быстро отчаливают. От мошенников, однако, им избавиться не удаётся — они тоже сбегают и догоняют плот на лодке.
Немного оправившись, мошенники принимаются за старое, но им не везёт. Тогда они сговариваются, отвлекают внимание Гека от плота и сдают Джима как беглого раба, за вознаграждение. Гек узнаёт, что Джим находится на плантации Сайласа Фелпса. Мальчика снова начинают мучить угрызения совести, ведь он «украл негра у бедной старушки». Он даже пишет письмо вдове Дуглас, но потом рвёт его: Джима предать он тоже не может. Гек решает выкрасть Джима из рабства, но на беду снова встречается с герцогом. Тот сообщает, что король продал Джима и сбежал, не поделившись деньгами. Мошенник снова принимается помыкать Геком, но тот больше не желает иметь с герцогом дел и отправляется на плантацию Фелпса. Не успевает Гек зайти во двор, как его окружают собаки, а хозяйка плантации, тётя Салли, принимает мальчика за своего племянника, который вот-вот должен приехать. Гек снова оказывается в затруднительном положении, но вдруг узнаёт, что племянника Фелпсов зовут Том Сойер. Гек спасён, ведь о семье лучшего друга он знает всё. Он ухитряется улизнуть из дому, как будто за вещами, встречается с самим Томом и обо всём с ним договаривается. Явившись на плантацию, Том выдаёт себя за своего старшего брата Сида, благо тётушка Салли никого из них никогда не видела. В тот же вечер Том и Гек сбегают в город. По дороге они встречают разъярённую толпу, которая тащит короля и герцога верхом на шесте — они пытались дать в ближайшем городке своё коронное представление.
Обосновавшись в доме тётушки, Том рьяно принимается за освобождение Джима, который заперт в сарае. Гек предлагает простой и действенный план, но Тома он не устраивает. Мальчик хочет, чтобы всё было «по правилам». Джим должен удрать через подкоп, предварительно перепилив оковы, получив верёвочную лестницу, запечённую в пироге, нацарапав ложкой на стене жалостливую надпись и оставив в узилище дневник, написанный на рубашке. Гек одобряет план Тома, но никак не может понять: зачем мальчик из хорошей семьи помогает беглому негру. Для осуществления столь сложного плана нужно множество вещей. В доме начинают происходить странные и таинственные события — пропадает новая рубашка дядюшки Сайласа, простыни, ложки. Это пугает Тётю Салли и выводит её из равновесия. По ходу дела у Тома возникают новые идеи, например, запустить в узилище Джима пауков, змей и крыс, чтобы тот их приручил. Джим очень боится этих тварей и почти не спит. Пойманные мальчиками ужи расползаются по дому, до смерти пугая тётю Салли. Перед самым побегом Том подбрасывает несколько писем с угрозами. Все верят, что страшная банда хочет освободить своего подельника Джима, и на помощь Фелпсам приходят соседи с ружьями. Побег удаётся. Под свист пуль беглецы добираются до плота, и только там Гек обнаруживает, что Том ранен. Гек приводит к Тому доктора, который и доставляет его и Джима домой. Несколько дней Том мучается от сильной лихорадки. Придя в себя, мальчик думает, что Джим в безопасности, и выкладывает тёте Салли всё о своих проделках. Узнав, что Джим по-прежнему заперт, Том требует его отпустить. Мальчик сообщает, что мисс Уотсон умерла, завещав своему рабу свободу. А освобождал Том негра только ради приключений. В это время приезжает тётя Полли, обеспокоенная странным письмом сестры, и объясняет тёте Салли, кто есть кто.
Джима освобождают от цепей, он помогает тёте Салли ухаживать за Томом, а мальчик дарит ему сорок долларов за терпеливость. Гек считает, что папаша Финн давно пропил его деньги, но Джим сообщает о смерти старого пьяницы — это его тело негр видел в проплывающем мимо острова Джексона доме во время наводнения. Том поправляется и задумывает новые приключения. Гек собирается удрать на индейскую территорию, потому что тётя Салли хочет его усыновить и воспитывать, а этого Гек уж точно не выдержит, он пробовал.