В отчаянно тяжелых условиях, без железных дорог, увозили с собой все наиболее ценное, что только могли погрузить на баржи и лодки. После освобождения Новгорода зимой 1944 г. они первыми вернулись в него, чтобы сохранить то, что не успели украсть и уничтожить оккупанты. Им помогало население. В развалинах всемирно прославленной Нередицы еще лежали неразорвавшиеся снаряды и мины, но вернувшиеся жители, не имевшие еще крова над головой, делали все для того, чтобы предохранить фрески от непогоды, и в этом им помогали музейные работники. Музейные ли только? Они делали все, чтобы возродить свой город, его материальную и духовную жизнь одновременно. Они понимали, что нельзя строить современный социалистический Новгород без возрождения его культурных ценностей, без бережного отношения к истории.
Захватчики разрушили многие памятники Новгорода: церковь Нередицу XII в., церковь в Ковалеве XIV в. с ее фресками, в создании которых принимали участие сербские художники, церковь в Болотове XIV в. со всем комплексом ее росписей и многое, многое другое. Они увезли с собой пять тысяч икон, в основном XV – XVII вв., и множество других предметов искусства. Но тем не менее спасенных вещей было еще много. Несмотря на жестокий жилищный кризис, Новгородскому музею сразу после войны было передано самое крупное из сохранившихся зданий – здание бывших Присутственных мест. Здесь и в Грановитой палате XV в. сосредоточены сейчас ценности мирового значения. Здесь отражена русская культура целого тысячелетия. Собрание древнерусской живописи – одно из лучших в мире. В стенах музея – древнейшая русская икона "Петр и Павел" XI в. Здесь же древнейшее русское шитье – поручни Варлаама Хутынского XII в., древнейшие произведения русского прикладного искусства. В стенах новгородского Софийского собора – остатки древнейших русских фресок. В витринах музея – древнерусские рукописи, берестяные грамоты. Экспозиция новой живописи включает произведения Аргунова, Рокотова, Боровиковского, Левицкого, Брюллова, Крамского, Репина, Нестерова, Коровина, Серова, Рылова, Грабаря и многих других прославленных русских художников.
Музей ведет интенсивную научную работу. По материалам Новгородского музея написаны работы многих известных историков и искусствоведов. Здесь работали академики Б. Д. Греков, И. Э. Грабарь, Б. А. Рыбаков, М. Н. Тихомиров, А. В. Щусев. По новгородским материалам писали Д. В. Айналов, С. В. Бахрушин, М. И. Артамонов, М. В. Алпатов, А. А. Спицын и создает свои замечательные труды В. Л. Янин. Многие из этих работ, написанных ими, переведены на иностранные языки. В Новгородский музей постоянно приходят запросы на те или иные материалы из-за границы, ибо историей Новгорода интересуются во всем мире. Но только ли одни ученые работают по материалам Новгородского музея? Здесь видели Эйзенштейна, Рериха, С. Герасимова, Кончаловского, Кукрыниксов, Чапыгина, Язвицкого, В. Белова, В. Распутина.