Уже оставив позади первую часть романа, в 1866 году Флобер обронил признание: «Ах, придется мне испытать ужасы стиля». Это и подобные ему признания не должны вводить нас в заблуждение: «Воспитание чувств» вызывало трудности не только чисто стилистического характера.
Флобер неоднократно указывает в письмах, что недоволен замыслом, который, к сожалению, поздно уже менять, и т. п. Его одолевали сомнения: способен ли вызвать интерес читателя столь слабый и пассивный характер, каким наделен Фредерик Моро? Немалые затруднения возникали в ходе создания романа из-за необходимости как можно более органично спаять воедино частную жизнь персонажей со стремительным и бурным разворотом политических событий. Сюда следует присоединить в крайнюю сложность исторической ситуации, легшей в основу произведения, обилие различных политических течений и социальных учений и теорий, которые должны были найти свое место и свой способ художественно образного воплощения. Кроме того, следует учитывать и то немаловажное обстоятельство, что «Воспитание чувств» рождалось из-под пера Флобера как отклик на нараставшую в шестидесятые годы потребность Франции в пересмотре уроков исторического прошлого, что делало особо ответственной работу писателя над общественно-исторической линией в сюжете романа.
Флобер очень тонко чувствовал эту неодолимую общественную потребность в обращении к урокам прошлого, указывая в письмах периода работы над романом, что реакция вырыла пропасть между Францией 1848 года и Францией нынешней, что своей книгой он хотел бы воскресить для современного ему читателя «поколение ископаемых»… Как известно, писателю не удалось воссоздать исторически правдивую картину времени во всей ее объективной полноте, донести до читателя подлинный смысл стремлений и надежд революционного народа. Автор «Воспитания чувств» стал жертвой собственного ошибочного убеждения, что ему удалось создать абсолютно объективную книгу, в которой он не «льстил», по его словам, ни реакционерам, ни демократам.
Наконец, значительную долю трудностей, выраставших перед Флобером, по мере того как он продвигался все дальше в своей работе над произведением, составило его (художника) внутреннее сопротивление материалу. Через всю переписку Флобера периода второй половины шестидесятых годов проходит один устойчивый мотив: ему, писателю, противно заниматься изображением быта и нравов буржуазии. Здесь можно почувствовать духовную трагедию большого художника, который ощущал в себе присутствие буржуа, буржуа, страшащегося народа, и вместе с тем вздел буржуазный миропорядок в его безнравственности, пошлости; уродливости. Флобер клянется (в который раз!), что он больше не возьмется за «буржуазный сюжет», что ему претит описание уродливой среды и мещанских нравов; он мечтает о «красивом сюжете», возвышенных ситуациях, героическом повествовании…