Том был в чулане, где втайне от тети ел варенье. Женщина хотела выпороть племянника, но тот успел убежать. Том встретил незнакомого мальчика во франтовской шляпе и нарядном костюме. Сойеру не понравился внешний вид незнакомца, и он начал драку. Том победил и заставил незнакомца попросить пощады. Увидев, как племянник испачкался после драки, тетя Полли твердо решила наказать его и заставила Тома белить забор. Больше всего Сойер боялся насмешек других мальчиков, но тут же придумал выход: Том делал вид, что побелка приносит ему настоящее удовольствие. Другие мальчики, увидев это, отдавали Сойеру свои «сокровища» (бумажного змея, дохлую крысу, шарики и т. д.), только бы он дал им тоже немного побелить. «К середине дня Том стал богачом». Забор был покрыт известкой в три слоя. Увидев готовую работу, Тетя Полли была удивлена и наградила Тома яблоком. Проходя мимо дома Джефа Тэтчера, Том увидел в саду незнакомую девочку – «прелестное голубоглазое создание». Он моментально забыл о своей предыдущей пассии Эми Лоуренс. Утром Том, Сид и их сестра Мэри пошли в воскресную школу, которую Том «ненавидел от всей души». В церкви появился адвокат Тэтчер в сопровождении своего брата – окружного судьи – и семьи.
С ними была и та девочка, которая понравилась Тому. Учителю мистеру Уолтерсу, чтобы произвести впечатление на господ, нужно было вручить наградную Библию, но достаточное количество билетиков оказалось только у Тома (он их выменял у других ребят). «Уолтерс никак не ожидал, что Том может потребовать Библию, — по крайней мере, в течение ближайших десяти лет», но все же наградил мальчика. Началась утренняя проповедь, во время которой Том поймал прилетевшую муху, затем он достал свое сокровище – жука. В церковь забежал пудель. Увидев жука, пес начал с ним играть, чем развеселил не только Тома, но и остальных прихожан. В понедельник утром, не желая идти в школу, Том пожаловался на больной зуб. Тетя Полли вырвала ему зуб и все равно отправила на уроки. Том встречается с Гекльберри Финном. Все матери города ненавидели Гека за то, что он был «лентяй, озорник». Он был всегда одет в какие-то обноски, «делал, что хотел, никого не спрашиваясь», поэтому ему завидовали все другие мальчики. Гек рассказал Тому, что бородавки можно свести при помощи дохлой кошки. Учитель посадил Тома с новенькой девочкой Бекки Тэтчер. Том пообещал Бекки научить ее рисовать, после чего написал на грифельной доске: «Я вас люблю». После школы Том учил Бекки рисовать. Он признался ей в любви и, узнав, что это взаимно, поцеловал девочку. Однако когда Бекки узнала, что она у Тома не первая «невеста», то сильно расстроилась, и они поссорились. Ночью, услышав сигнал Гека – мяуканье, – Том тихо выбрался через окно из дома. Они пошли на кладбище, чтобы провести ритуал с дохлой кошкой. Неожиданно на кладбище появились Мэф Поттер, индеец Джо и молодой доктор Робинсон. Поттер и индеец Джо раскопали могилу, вытащили из гроба труп и взвалили покойника на тачку. Джо начал требовать с Робинсона дополнительной платы, но тот отказывался. Индеец вспомнил, как когда-то доктор выгнал его из своего дома. Завязалась драка.
Доктор оглушил Поттера надгробной доской. В это время индеец вонзил Робинсону нож в грудь. Испуганные мальчики убежали прочь. Индеец вложил окровавленный нож в руку находившегося без сознания Поттера. Когда Мэф очнулся, Джо пообещал ему, что никому не расскажет о случившемся. Гек сказал, что им нельзя никому говорить об увиденном, иначе «индейский дьявол» утопит их, как котят. Мальчики дали клятву молчания и подписались под ней кровью. Около полудня «городок взволновала страшная новость» об убийстве доктора. Возле убитого нашли окровавленный нож Поттера. Поттер пытался доказать свою невиновность, но индеец Джо под присягой дал показания, что убийца Мэф. Том, ощущая вину, тайком начал носить Поттеру в тюрьму угощения. Бекки перестала ходить в школу. Том чувствовал себя очень несчастным. Тетя Полли решила, что Том болен. Наконец Бекки появилась в школе. Том, стараясь привлечь ее внимание, «бесновался, как индеец», но девочка старательно делала вид, что не замечает его. Том решил, что его все бросили, и никто не любит. Идя по улице, он встретил всхлипывающего Джо Гарпера. Мальчики решили сделаться пиратами, к ним присоединился Гекльберри Финн. В полночь, взяв все необходимое, они переправились на остров Джексона. Мальчики заметили проплывающий по реке пароходик и поняли, что ищут утопленника.
Том догадался, что ищут их. «На минуту они почувствовали себя героями. Вот это было настоящее торжество: их ищут, о них горюют, из-за них убиваются!» Ночью, когда Гек и Джо уснули, Том покинул остров. Том спрятался на пароходике, приплыл на нем к городу и побежал домой. У них дома была мать Джо Гарпера. Том подслушал, как тетя Полли и мама Джо обсуждали, что мальчики хотя и много озорничали, но на самом деле были хорошими. Когда все уснули, Сойер вернулся на остров. Мальчики начали еще сильнее скучать по дому. Тогда Сойер рассказал им «тайну», чем привел их в оживление, и они решили остаться. В воскресенье горожане собрались в церкви, пастор говорил о достоинствах якобы погибших мальчиков. Неожиданно входная дверь церкви отворилась и появились Том, Джо и Гек. В этом и заключалась «тайна» Тома: он задумал вернуться на собственные похороны. В школе Том и Джо стали героями и «в самом скором времени заважничали невыносимо». Том решил не обращать на Бекки внимания. Он снова начал ухаживать за Эми Лоуренс, но когда увидел Бекки с Альфредом Темплом (тот самый франтовато одетый мальчик, которого Том когда-то поколотил), «ревность огнем пробежала по жилам».
Альфред понял, что Бекки общается с ним только для того, чтобы досадить Тому. Чтобы насолить Сойеру, Темпл залил учебник Тома чернилами (за что потом наказали Тома). Бекки это видела, но ничего не сказала.
У учителя была «таинственная» книга, которую он не показывал ученикам и держал в закрытом ящике. Том застает Бекки, которая из любопытства достала книгу, когда обнаружила ящик открытым. Девочка от неожиданности случайно надорвала страницу. Когда учитель заметил, что книга разорвана, Том взял вину на себя. Приближались каникулы. Чтобы отомстить учителю, школьники позолотили ему лысину и, спустив сверху на веревке кошку, сняли с него парик во время экзамена.
В город во время каникул приезжал негритянский оркестр, цирк, гипнотизер и френолог, но в остальном на каникулах было очень скучно. Бекки уехала с родителями в Константинополь. Потом Том заболел корью. «В суде начали разбирать дело об убийстве». Поттеру грозила смертная казнь. На суде Том рассказал, как все было на самом деле. Когда мальчик назвал настоящего убийцу, индеец Джо выпрыгнул через окно и сбежал. «Том снова занял блестящее положение героя», но по ночам сильно боялся мести индейца Джо, которого никак не могли отыскать.
Том решает найти клад и берет с собой Гека. Они копали в нескольких местах, но безрезультатно. Мальчики решают перенести раскопки в «дом с привидениями». Когда мальчики забрались в старый дом, сюда неожиданно пришли индеец Джо, переодетый в глухонемого старика-испанца, и его подельник – оборванец с седыми бакенбардами. Мужчины планировали очередное злодейство и побег в Техас. Пытаясь закопать часть своих денег, они неожиданно нашли сундук с золотыми монетами. Индеец Джо хотел оставить его тут, но заметил оставленные мальчиками мотыгу и лопату. Мужчины решили забрать сундук с собой и спрятать его «в номер второй – под крестом». Гек и Том решают следить за индейцем, думая, что он спрятал сундук в комнате трактира. Мальчики караулили у трактира. Том раздобыл связку ключей. Забравшись в комнату трактира, он едва не наступил на руку спящему индейцу Джо. Мальчики решили забрать сундук в другой раз.
В город вернулась Бекки. Школьники выбрались на пикник. Бекки предупредила родителей, что переночует у друзей. Во время прогулки ребята пошли в пещеру Мак-Дугала. Они бегали по многочисленным коридорам, а вечером пароход отвез их обратно в город. После 11 часов ночи Гек заметил, что из трактира вышли индеец Джо и его подельник с сундуком. Мальчик следил за ними. Мужчины, подойдя к дому вдовы Дуглас, начали обсуждать свои планы: они хотели отомстить ей за все унижения, которые муж вдовы нанес индейцу Джо. Гек побежал к ближайшей ферме старика-валлийца и рассказал обо всем. Утром старик-валлиец накормил Гека и рассказал, что вчера с сыновьями не смог поймать преступников, а только спугнул их выстрелами.
В воскресенье утром мать Бекки и тетя Полли обнаружили, что Том и Бекки не ночевали у друзей и не вернулись с пикника. Тут же были организованы поиски детей в пещере. Они заблудились. В одном из коридоров дети неожиданно столкнулись с индейцем Джо. Однако преступник сам испугался и убежал. Тому казалось, что прошло уже несколько дней. Бекки очень ослабела без еды, но Сойер все еще пытался найти выход и нашел. Стало известно, что тело сообщника индейца Джо выловили из реки. Вход в пещеру оковали листовым железом. Том рассказал, что в пещере находился индеец Джо.
Когда двери в пещеру отперли, то нашли мертвого индейца Джо, припавшего лицом к дверной щели. Том рассказал Геку, что увидел в пещере знак, оставленный индейцем – тот самый «номер второй – под крестом». Мальчики забрались в пещеру, нашли вещи индейца и сундук с монетами. Мальчики вернулись из пещеры как раз тогда, когда вдова устраивала праздничный ужин. Вдова решила взять Гека на воспитание, а, когда найдет денег, помочь завести свое дело. Том сказал, что у Гека уже есть деньги, их было немного больше 12 000 долларов. «Вдова Дуглас положила деньги Гека в банк, а судья Тэтчер по просьбе тети Полли сделал то же самое для Тома». Геку оказалось мучительно жить у вдовы Дуглас: каждый день умываться, причесываться, поэтому через три недели он сбежал. Через три дня Том нашел его и, пообещав принять в разбойники, попросил пожить у вдовы еще хотя бы месяц.